国内外大量的医学研究发现，以前一直以为导致强直性脊柱炎发生的罪魁祸首是人类基因HLA-B27，实际上还没有超过50%的发病率。那么，在强直性脊柱炎病人身上，还没有其他与发病有重要关联的基因呢？
下面这些研究成果证实了AS病因的复杂性：
一，主要组织相容性复合物(MHC)基因HLA-B27只提供强直性脊柱炎遗传风险的16%~50%，可能还存在其他因素如其他HLA基因。与AS相关的其他基因包括在LA-B27阳性和阴性个体均可见到的HLA-B60和仅见于HLA-B27阳性个体的HLA-B39等。认为HLA-B60增加强直性脊柱炎的风险可达3倍，并与HLA-B27无关。
西班牙学者对西非国家多哥的位居民进行了调查，有8人确诊为AS,经过对HLA的PCR分析发现，当地的AS主要与HLA-B*具有很强的相关性，而并非HLA-B27。
墨西哥学者发现HLA-DR1和HLA-B15是独立于HLA-B27以外的与AS相关的因素。
近来还有研究者认为定位16g12染色体的NOD2基因与AS的发病以及临床有一定的相关性，但结果仍待进一步证实。
其他还包括HLA-DRB1*、HLA-DR4、MHC(HLAclass)-IⅡ、低分子蛋白酶体(lowolecularweightproteasome.LMP)、抗原加工相关转运子(transporterassociatedwithantigenrocessing,TAP)、主要组织相容性复合体I类相关基因A(majorhisto